Deficiențele de vitamine și minerale, cum ar fi vitaminele D, B12, B9 (folat), magneziu, fier, zinc și acizi grași omega-3, pot fi asociate cu un risc mai mare de depresie. Aceste deficiențe pot influența funcționarea creierului, metabolismul și inflamația, factori care pot contribui la dezvoltarea simptomelor depresive. Tocmai de aceea, susțin specialiștii, este esențială pentru absorbția calciului și reglarea serotoninei, un neurotransmițător implicat în starea de spirit. În același timp, deficiența de vitamina D a fost asociată cu inflamația și depresia, deși suplimentarea nu a demonstrat încă prea clar ameliorarea simptomelor. O serie de studii analizează dacă suplimentarea cu vitamina D sau creșterea indirectă a vitaminei D, cum ar fi prin terapia cu lumină, ar putea ajuta la îmbunătățirea simptomelor depresiei.

Implicată în numeroase procese biologice, deficiența de magneziu a fost asociată cu depresia, însă dovezile privind beneficiile suplimentării sunt neconcludente. Deficiența de fier, care poate duce la anemie, este frecventă, mai ales la femei, și a fost legată, în ultimii ani, și de simptome depresive. Suplimentarea cu fier poate ajuta la reducerea simptomelor în cazurile de anemie. La rândul său, zincul este esențial pentru funcționarea optimă a unor zone ale creierului asociate cu depresia. Cercetările sugerează că suplimentarea cu zinc poate ajuta la ameliorarea simptomelor depresive.